Năm 1960, Georges "Professeur Choron" Bernier và François Cavanna ra mắt nguyệt san lấy tên là Hara-Kiri.[6] Choron đảm nhiệm vị trí giám đốc xuất bản còn Cavanna là tổng biên tập. Sau đó, Cavanna đã quy tụ một đội ngũ bao gồm Roland Topor, Fred, Jean-Marc Reiser, Georges Wolinski, fr (Gébé), và Cabu. Sau một lá thư của khán giả buộc tội họ là "ngu bẩn" ("bête et méchant"), cụm từ này đã trở thành khẩu hiệu chính thức của tờ báo và biến nó trở thành ngôn ngữ hàng ngày ở Pháp.

Năm 1969, nhóm Hara-Kiri quyết định xuất bản theo tuần nhằm làm nổi bật hơn những hoạt động lúc ấy của nhóm. Công việc này được ấn định bắt đầu vào tháng 2 năm ấy với cái tên của nhóm là Hara-Kiri Hebdo. Sau đó Hara-Kiri Hebdo lại đổi thành L'Hebdo Hara-Kiri vào tháng 5 cùng năm.[7]

Năm 1970, tạp chí này bị cấm hoạt động sau khi xuất bản một hình họa đả kích những thông tin trên giới truyền thông về một vụ cháy gây chết người. Cụ thể là vào năm ấy, vụ cháy câu lạc bộ Cinq-Sept xảy ra, khiến 146 người thiệt mạng. 8 ngày sau đấy, Tổng thống Pháp đương nhiệm là Charles de Gaulle đã qua đời tại nhà riêng. Dựa vào những sự kiện này, nhóm trên đã xuất bản một cuốn tạp chí có tiêu đề là "Buổi khiêu vũ kinh hoàng ở Colombey, một cái chết", trong đó có đưa ra một kiểu đùa cợt về những tin tức được đưa ra bởi báo chí bình dân của Pháp. Và hậu quả là như nói ở trên.[6]

Để tránh lệnh cấm, tạp chí được đổi tên Charlie Hebdo và tái bản trong vài tuần sau đó. Cái tên Charlie Hebdo này là dựa vào tên của một tờ tạp chí theo tháng khác có tên là Charlie (sau này tờ tạp chí này đổi tên là Charlie Mensuel, có nghĩa là tạp chí Charlie theo tháng). Mà cái tên Charlie của tờ tạp chí ta nói tới, chứ không phải là Charlie Hebdo, là xuất phát từ một nhân vật có tên là Charlie Brown của tờ Peanuts.

Tháng 12 năm 1981, Charlie Hebdo ngừng hoạt động.[8]

Năm 1992, Charlie Hebdo tái sinh và tồn tại đến ngày nay. Do nổi tiếng với những bức tranh châm biếm về mọi tôn giáo, Charlie Hebdo khiến các phần tử Hồi giáo cực đoan chú ý và khó chịu.

Năm 2006, tờ tạp chí đăng lại một nhân vật hoạt hình nổi tiếng người Đan Mạch mô phỏng nhà tiên tri Hồi giáo Mohammed trong số đặc biệt.